W odpowiedzi na pojawiające się wątpliwości, które dotyczyły postępowania w przypadku awarii lub niedostępności systemu KSeF, zdecydowano się na wypracowanie zasad na taki wypadek. Otóż jeśli tak się stanie, przedsiębiorcy mogą wystawiać faktury poza KSeF. Wśród nich, jest także określenie okresu awarii, który wyznaczać będzie publikacja komunikatów dotyczących jej rozpoczęcia i zakończenia. Pojawiła się również możliwość ponownego jej ogłoszenia. Dodajmy, że dokumenty przesłane do KSeF będą przechowywane w systemie przez 10 lat. licząc od końca roku, w którym zostały wystawione.

Co istotne, wbrew wcześniejszym założeniom, wydatki na wdrożenie systemu KSeF w firmach mają być traktowane jak wydatki na badania i rozwój. Jak już wspomniano, pozwoli to na zastosowanie ulgi podatkowej w wysokości nawet 200% poniesionych kosztów. Wydatki na badania i rozwój odlicza się dwukrotnie. Najpierw jako koszt uzyskania przychodu (100%), a następnie odpisując 100% tego samego wydatku od obliczonej już podstawy opodatkowania. Zgłoszona poprawka to doskonała informacja dla przedsiębiorców, którzy obawiali się wpływu wdrożenia systemu na finanse firm.

W związku z wygaśnięciem okresu przejściowego, od 2025 roku nie będzie możliwości wystawiania faktur za pomocą kas rejestrujących. Fakturą nie będzie również paragon do 450 zł z numerem NIP. W tym wypadku przewidziano jednak wyjątki, jak bilety za przejazdy autostradą.